Skånetrafiken är en del av Region Skåne. Det innebär att Skånetrafiken har en politisk ledning, kollektivtrafiknämnden, som tar de stora övergripande besluten om till exempel budget, biljettpriser eller inköp av tåg. De beslut som ligger nära verksamheten tas av trafikdirektören som till sin hjälp har Skånetrafikens ledningsgrupp.
Skånetrafikens ledningsgrupp
Trafikdirektör/förvaltningschef - Henrik Dagnäs
Trafikchef - Göran Lundblad
Chefsassistent - Mona Videll
Strategisk utveckling - Bengt Nilsson
Kvalitet/IT - Gunilla Blad
Försäljning - Camilla Bunke
Press/information - Ulrika Mebius
Administration - Tommy Persson